アメリカの大学は文部省が認定するのではないそうですが、どういうことでしょうか？

アメリカでは、全米高等教育基準認定協会(通称COPA：アメリカ大学認定委員会)という民間機関が大学の資格認定を行っておます。

全米を６つに分け、地域ごとに認定委員会があります。
認定は数年に１度ずつ行われ、大学としての基準に達していないと、認定を取り消されます。ハーバードのような名門校でも認定を受けねばなりません。

この認定を受けている大学は、短大約1,300校を含めて、全米で約3,400校くらいあります。

この認定を受けていない「大学」も約１万校あるそうです。
認定を取っていない学校に入ると、単位の互換性を認められず、就職にも不利、大学自体は政府からの補助金を受けられないといったことになります。

この認定制度は、大学が新しいプログラムをやろうとしたとき、そのプログラム自体、認定を取らなくてはならないようになっています。